Eclipse ist ein Framework und eine IDE, verschiedenste Programmiersprachen werden unterstützt – und genau davon möchte man auch Gebrauch machen.
Z.B. einen Teil eines Projektes in Python (pydev) einen anderen Teil in Groovy und einen Teil in Java programmieren. Das ganze soll am liebsten in einem Ordner liegen, der per Subversion (subversive) verwaltet wird.

Sobald ein Projekt aber z.B. ein Python Projekt ist, kann man dies nicht mehr mit Java verwenden. Die Lösung dafür ist, das eigentliche Projekt z.B. als generisches Projekt aus dem svn auszuchecken und anschließend Projekte für die einzelnen Sprachen anzulegen.
Mein Projekt heißt z.B. „product“, dann lege ich mir ein Java Projekt an „product-java“ und wähle dort aus, dass ich keine getrennten source und binary Ordner möchte, gebe aber zusätzliche Source Ordner an, die berücksichtigt werden soll. (Quasi wie symbolische Links)
Ordnet man jetzt noch die einzelnen Projekte den richtigen Perspektiven zu ist die Mehrsprachigkeit elegant gelöst.