Netbeans unterstützt derzeit keine interaktive Auswahl der Optionen "merge commit" oder "rebase" wenn bei einem git pull kein fast-forward möglich ist. Dazu gibt es diesen Netbeans bug: http://netbeans.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=213855

Als kleiner Work-Around ist es jedoch mit git Bordmitteln möglich, das Default-Verhalten von git selbst anzupassen. Dazu kann man auf einem Branch das Verhalten konfigurieren, z.B. dem master branch: git config branch.master.rebase true

Ich hoffe dieser kleine Netbeans Tipp hilft auch anderen Usern :)