Leider war die Lösung des Problemes doch nicht so einfach – bzw. ich habe noch keine. Inzwischen konnte die Ursache ein wenig weiter einkreisen… oder weitere Ursachen identifizieren, so sicher bin ich mir da noch nicht.
Unabhängig davon, welche Dateien im Eclipes geöffnet sind, ist die Applikation langsam – aber was ich gestern übersah, ist daß ich die gesamte Zeit einen MediaPlayerClassic im Hintergrund laufen ließ über den ich einen DVB-S Radiostream (SWR3 um genau zu sein 😉 ) gehöhrt habe, aber zwischendurch gemutet hatte, ohne das Programm jedoch zu beenden.
Ich habe noch extra einen Profiler installiert und versucht darüber Aufschlüsse zu gewinnen, wieso diese so einfache Applikation dermaßen langsam läft. Ich konnte jedoch nichts gravierendes finden – äßer, daß eine ganze Menge Zeit mit wait(); verbraucht wird.
Heute dann ist mir das mit dem DVB-S Stream aufgefallen. Läft der MediaPlayer, ist mein Programm rattenfix, ist er aus läft es langsamer als eine Atari-ST Anwendung.

Es ist wohl ein Bug in der JVM oder im Zusammenspiel mit den Treibern. Nach vielem Hin- und Her habe ich den Fehler mit der Hilfe von flippo/##java@freenode eingrenzen können. Abhilfe schafft beim Start der Switch -Dswing.volatileImageBufferEnabled=false um den VolatileImageBuffer auszuschalten.